西安医学院第二附属医院为西安医学院第二临床医学院，设有临床医学系和麻醉医学系，下设院办、党办、教学科、学生科（兼团委）、教学质量评价办公室、实训中心6个教学管理部门和内、外、妇产、儿科、五官、医技、护理、麻醉、全科、诊断等10个教研室。承担硕士研究生、本科生和3+2助理全科医生的理论学习、实习见习等教学任务，近年来在专业与课程建设、国家级大学生创新创业训练计划项目、全国高等医学院校大学生临床、护理技能竞赛等方面屡获佳绩。